目前，我省从事湖泊管理的部门包括水利、农（渔）业、环保、林业等部门，每个部门均在不同范围、以不同方式行使着湖泊保护管理权。但由哪个部门主管？每个部门具体承担哪些职责？政府又要履行什么职责？过去并不十分明晰，导致“九龙治水”难以形成合力。《条例》用单独一章，依次明确了政府及各相关部门的职责。
在政府职责方面，《条例》明确湖泊保护实行政府行政首长负责制。跨区域湖泊由其共同上级政府和区域内政府负责；上级政府要对下级政府湖泊保护工作实行年度目标考核，考核结果还要作为当地政府主要负责人、分管负责人和部门负责人任职、奖惩的重要依据。在部门职责方面，《条例》明确了由县级以上政府水行政主管部门主管本区域内的湖泊保护工作，并以列举形式分别规定了水行政、环境保护、农（渔）业、林业等主要相关部门的职责，责权清晰。
《条例》规定，水行政主管部门具体履行以下职责：1、湖泊状况普查和信息发布；2、拟定湖泊保护规划及湖泊保护范围；3、编制与调整湖泊水功能区划；4、湖泊水质监测和水资源统一管理；5、防汛抗旱水利设施建设；6、涉湖工程建设项目的管理与监督；7、湖泊水生态修复；8法律、法规等规定的其他职责。同时要求县级以上人民政府水行政主管部门应当明确相应的管理机构负责湖泊的日常工作。
为确保部门间形成合力，《条例》还规定，建立和完善湖泊保护部门联动机制，实行由政府负责人主持，相关部门参加的湖泊保护联席会议制度。联席会议由政府负责人主持，日常工作由水行政主管部门承担。